La Chiesa si trova accanto all’Ospedale di Arcevia, la cui trasformazione in Casa della Salute e Ospedale di comunità è avvenuta nel 1999. Il vescovo di Senigallia Marco Vigerio I Della Rovere lo fece edificare come conservatorio dedicato a San Sebastiano nel 1500 e lo affidò alle Suore Francescane senza clausura. Il successore, suo nipote Marco Vigerio II completò il conservatorio: per suo volere fu trasformato in Convento di Clausura, affidato a Suor Alessandra Sabini di Arcevia, divenuta venerabile; nel XVII secolo la Duchessa Livia Della Rovere fa trasportare da Macerata le spoglie della venerabile nella “sua” Chiesa di San Sebastiano, poi traslata in Santa Maria. Dopo la soppressione a fine ‘700, le suore si unirono alle Sorelle del Convento di Santa Lucia e il monastero convertito in ospedale.